今天，我想和大家分享一些關(guān)于質(zhì)粒圖譜以及prsfduet質(zhì)粒圖譜的問題。以下是小編對這個問題的總結(jié)。讓我們看一看。
質(zhì)粒圖譜4大要素
質(zhì)粒解剖
質(zhì)粒四大要素：
一、復(fù)制起點：控制著質(zhì)粒的復(fù)制，并決定了質(zhì)粒的宿主和拷貝數(shù)；
Ori 是質(zhì)粒的復(fù)制起點（也稱 origin ), ori 和它所控制的組分一起稱為一個復(fù)制子， ori 調(diào)控整個質(zhì)粒在大腸桿菌中滾環(huán)式復(fù)制，使得質(zhì)粒可以得到空攔大量擴增
質(zhì)粒中有兩個 origin 的，為穿梭質(zhì)粒，既可以在原核細胞復(fù)制御運，也可在真核細胞中復(fù)制。
二、篩選標記： 多為抗性基因，以便加以檢測篩選；
只存在單抗性的質(zhì)粒多為原核克隆載體
和原核表達載體。
而存在兩種或以上的抗性的多為真核表達質(zhì)粒，多為穿梭質(zhì)粒
真核表達鎮(zhèn)虧梁質(zhì)粒不僅含 如AmpR ，還有如NeoR 篩選標記
三、多克隆位點： 外源基因的插入位點；
多克隆位點簡稱 MCS ，圖譜中的 MCS 區(qū)
或者許多內(nèi)切酶集中的部分，就是質(zhì)粒的多克隆位點，它一般位于轉(zhuǎn)錄啟動和轉(zhuǎn)錄終止信號之間
多克隆位點是外源 DNA 的插入位點，一般可通過酶切后連接的方式將外源 DNA 插入質(zhì)粒
四、其他件：如轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件、翻譯表達元件和蛋白標簽等
質(zhì)粒中除了復(fù)制起始位點、篩選標記、多克隆位點外，還具有其他一些表達或調(diào)控元件，
如，轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件（啟動子），
翻譯調(diào)控元件
融合表達標簽蛋白等
如何查找質(zhì)粒圖譜
方法一：使用Vector NT 軟件
做分子實驗，經(jīng)常和不同的質(zhì)粒打交道，了解各種質(zhì)粒的圖譜信息是必需的，invitrogen公司的這款軟件絕對是分子生物學(xué)蟲子們的福音，要想對質(zhì)粒圖譜了解更直觀，安裝這款軟件是非常必要的。這款軟件的軟件包里面會包括invitrogen公司的所有質(zhì)粒圖譜信息和其他比較常見和經(jīng)典的質(zhì)粒圖譜。
方法二：查找質(zhì)粒圖譜的網(wǎng)站?Vector Database（addgene）
這個網(wǎng)站很頁面很人性化，以前叫做lablife，現(xiàn)在網(wǎng)站做了整合，比如查找pRS類質(zhì)粒圖譜（注意，是一類質(zhì)粒圖譜，沒關(guān)系，照樣能找到），直接在搜索框輸入pRS，可以看到，之類質(zhì)粒一共有三十多個。
找到自己需要的質(zhì)粒名稱，點擊進入，就可以看到質(zhì)粒圖譜了。
如何閱讀質(zhì)粒圖譜
第一步：首先看Ori的位置，了解質(zhì)粒的類型（原核/真核/穿梭質(zhì)粒）
第二步：再看篩選標記，如抗性，決定使用什么篩戚侍選標記。
（1）Ampr 水解β－內(nèi)酰胺環(huán)，解除氨芐的毒高或吵性。
（2）tetr 可以阻止四環(huán)素進入細胞。
（3）camr 生成氯霉素羥乙酰基衍生物，使之失去毒性。
（4）neor（kanr） 氨基糖苷磷酸轉(zhuǎn)移酶 使G418（長那霉素衍生物）失活
（5）hygr 使潮霉素β失活。
第三步：看多克隆位點（MCS）。它具有多個限制酶的單一切點。便于外源基因的插入。如果在這些位點外有外源基因的插入，會導(dǎo)致某種標志基因的失活，而便于篩選。決定能不能放目的基因以及如何放置目的基因。
第四步：再看外源DNA插入片段大小。質(zhì)粒一般只能容納小于10Kb的外源DNA片段。一般來說，團虛外源DNA片段越長，越難插入，越不穩(wěn)定，轉(zhuǎn)化效率越低。
第五步：是否含有表達系統(tǒng)元件，即啟動子－核糖體結(jié)合位點－克隆位點－轉(zhuǎn)錄終止信號。這是用來區(qū)別克隆載體與表達載體?？寺≥d體中加入一些與表達調(diào)控有關(guān)的元件即成為表達載體。選用那種載體，還是要以實驗?zāi)康臑闇世K。
質(zhì)粒圖譜的認識
1.復(fù)制起始位點：Ori 即控制復(fù)制起始的位點。原核生物 DNA 分子中只有一個復(fù)制起始點。而真核生物 DNA 分子有多個復(fù)制起始位點。F1啟動子（f1 ori）代表的是噬菌體的復(fù)制起始方向，只能復(fù)制出單鏈的DNA
2.抗生素抗性基因：單詞最后會以大寫R或上標r結(jié)束。
Ampr 氨芐青霉素，水解 β－內(nèi)酰胺環(huán)，解除氨芐的毒性。
tetr 四環(huán)素，可以阻止四環(huán)素進入細胞。
camr 生成氯霉素羥乙?；未笱苌铮怪ザ拘?。
neor（kanr）氨基糖苷磷酸轉(zhuǎn)移酶 使 G418（長那霉素衍生物）失活。
hygr 潮霉素，農(nóng)桿菌里常用的。使潮霉素 β 失活
Kan（卡那霉素，常用）、Cmr（氯霉盯磨粗素，某些酵母表達質(zhì)凱鎮(zhèn)粒）、SM（鏈霉素）、
3.多克隆位點 MCS：它具有多個限制酶的單一切點。便于外源基因的插入。如果在這些位點外有外源基因的插入，會導(dǎo)致某種標志基因的失活，而便于篩選。決定能不能放目的基因以及如何放置目的基因。
4.P/E 啟動子/增強子
P：這個一般是代表啟動子。常見的啟動子有：CMV、EF1（這倆是啟動長片段的），H1、U6（啟動短片段的，比如shRNA），35S、2×35S（做植物的應(yīng)該懂的）。
5.Terms 終止信號
加 poly（A）信號：可以起到穩(wěn)定 mRNA 作用。pA：這個就是轉(zhuǎn)錄終止位點poly A。
關(guān)于質(zhì)粒:
如何閱讀分析質(zhì)粒圖譜
一個合格質(zhì)粒的組成要素 1. 復(fù)制起始位點Ori 即控制復(fù)制起始的位點。原核生物DNA分子中只有一個復(fù)制起始點。而真核生物DNA分子有多個復(fù)制起始位點。 2. 抗生素抗性基因 可以便于加以檢測，如Amp+ ,Kan+ 3. 多克隆位點MCS 克隆攜帶外源基因片段 4. P/E 啟動子/增強子 5. Terms 終止信號 6. 加poly(A)信號 可以起到穩(wěn)定mRNA作用如何閱讀質(zhì)粒圖譜 第一步：首先看Ori的位置，了解質(zhì)粒的類型(原核/真核/穿梭質(zhì)粒) 所謂穿梭質(zhì)粒是指一類人工構(gòu)建的具有兩種不同復(fù)制起點和選擇標記，因而可以在兩種不同類群宿主中存活和復(fù)制的質(zhì)粒載體。此概念不僅用于不同的微生物菌群之間，也可旅輪以推廣到真核生物表達載體的構(gòu)建，如用于枯草的pBE2、酵母的pPIC9K、哺乳動物表拆斗信達載體pMT2 和用于植物細胞的Ti 質(zhì)粒。這些穿梭質(zhì)粒不僅可以在大腸桿菌中復(fù)制擴增，也可以在相應(yīng)的枯草、酵母、動物或植物細胞中擴增和表達。這樣利于對質(zhì)粒的分子生物學(xué)操作和大量制備。 第二步：再看篩選標記，如抗性，決定使用什么篩選標記。 1. Ampr 水解β-內(nèi)酰胺環(huán)，解除氨芐的毒性。 2. tetr 可以阻止四環(huán)素進入細胞。 3. camr 生成氯霉素羥乙?；苌?，使之失去毒性。 4. neor(kanr) 氨基糖苷磷酸轉(zhuǎn)移酶 使G418(長那霉素衍生物)失活 5. hygr 使潮霉素β失活。 第三步：看多克隆位點(MCS)。它具有多個限制酶的單一切點。便于外源基因的插入。如果在這些位點外有外源基因的插入，會導(dǎo)致某種標志基因的失活，而便于篩選。決定能不能放目的基因以及如何放置目的銷族基因。 第四步：再看外源DNA插入片段大小。質(zhì)粒一般只能容納小于10Kb的外源DNA片段。一般來說，外源DNA片段越長，越難插入，越不穩(wěn)定，轉(zhuǎn)化效率越低。 第五步：是否含有表達系統(tǒng)元件，即啟動子-核糖體結(jié)合位點-克隆位點-轉(zhuǎn)錄終止信號。這是用來區(qū)別克隆載體與表達載體。克隆載體中加入一些與表達調(diào)控有關(guān)的元件即成為表達載體。選用那種載體，還是要以實驗?zāi)康臑闇世K。啟動子-核糖體結(jié)合位點-克隆位點-轉(zhuǎn)錄終止信號 1. 啟動子-促進DNA轉(zhuǎn)錄的DNA順序，這個DNA區(qū)域常在基因或操縱子編碼順序的上游，是DNA分子上可以與RNApol特異性結(jié)合并使之開始轉(zhuǎn)錄的部位，但啟動子本身不被轉(zhuǎn)錄。 2. 增強子/沉默子-為真核基因組(包括真核病毒基因組)中的一種具有增強鄰近基因轉(zhuǎn)錄過程的調(diào)控順序。其作用與增強子所在的位置或方向無關(guān)。即在所調(diào)控基因上游或下游均可發(fā)揮作用。/沉默子-負增強子，負調(diào)控序列。
質(zhì)粒圖譜怎么看
1.第一步，看箭頭：
大多數(shù)質(zhì)粒都會有箭頭，箭頭有兩種解釋。一種是轉(zhuǎn)錄方向，轉(zhuǎn)錄方向主要是由啟動子開始的一個大箭頭，是啟動子啟動序列的順序。另一種是復(fù)制起始位點的方向，復(fù)制起始位點就是該質(zhì)粒在大腸桿菌等細菌或真菌中DNA復(fù)制的一個方向。
還需要提到的是F1啟動子（圖上的f1 ori）代表的是噬菌體的復(fù)制起始方向，只能復(fù)制出單鏈的DNA哦，但是可以用來測序。看懂轉(zhuǎn)錄的方向，這樣就方便設(shè)計插入片段的位置和方向性。
2.第二步，看上面的標簽。
報告基因：通常會有一兩個蛋白，被用作報告基因，比如常見的copGFP（綠色熒光蛋白），Puro（嘌呤霉素），Lacz（乳糖操縱子）等等。和抗性基因不同，這樣的報告基因，并不是為了在大腸桿菌擴增質(zhì)粒的過程中起作用的。
而是在質(zhì)粒搭州轉(zhuǎn)入表達體系后起到作用的，基本上就是為了顯示過表達或是敲減的基因是否正常運作。有的報告基因會融合在蛋白中表達，有的會另外用一個獨立的啟動子進行表達（比如shRNA的質(zhì)粒中）。
3.第三步，看多克隆位點：
MCS（Multiple Cloning Site，也就是多克隆位點），一般圖中會把知察蔽多克隆位點上的酶切位點都標記出來。上面的酶切位點順序，一般都是按照5`-3`的順序排列下來的，需要注意的是這樣幾點。
第一點是要注意，酶切位點邊標注了*的一般是指并不僅僅存在一個位點，也就不能用來作為構(gòu)建質(zhì)粒的酶切位點。
第二點需要注意的是，有的酶切位點，在序列中只有一個，但它上面也會標注一個*或者（dam），這說明可能這個酶切位點會有CpG島的甲基化修飾[常見的是XbaI，TCTAG(6m)A中的TC無法切開]，一般也是不能用的。但是非要用這個酶切位點的話，就需要用非甲基化的感受態(tài)細胞，如JM109或者JM110。
4.第四步，看多克隆位點沒液的序列：
末端如果有差異的話，可以把基因的ATG（甲硫氨酸）的5`末端替換1-2個堿基（變成GTG或者GCG這樣），從第二個氨基酸序列開始完全一致即可。而配合擴增和酶切的話，插入片段是允許有3`末端的冗余。
為了可以應(yīng)付3`末端的冗余堿基，在多克隆位點序列后，會有譯碼的終止TAA密碼，即使插入的片段使得3`末端產(chǎn)生了移碼突變，照樣能使表達的蛋白正常終止掉（在酵母雙雜的AD質(zhì)粒中，由于插入的是隨機cDNA，所以AD的載體上會常見這樣的結(jié)構(gòu)）。
擴展資料
分類
1.根據(jù)質(zhì)粒能否通過細菌的接合作用，可分為接合性質(zhì)粒和非接合性質(zhì)粒。
接合性質(zhì)粒帶有與接合傳遞有關(guān)的基因。非接合質(zhì)粒在一定條件下通過與其共存的接合質(zhì)粒的誘動或轉(zhuǎn)導(dǎo)而傳遞。
2.根據(jù)質(zhì)粒在細菌內(nèi)的復(fù)制類型可分為兩類：嚴緊控制型和松弛控制型。
嚴緊控制復(fù)制型質(zhì)粒的復(fù)制酶系與染色體DNA復(fù)制共用，只能在細胞周期的一定階段進行復(fù)制，當細胞染色體停止復(fù)制時，質(zhì)粒也就不再復(fù)制。
松弛控制復(fù)制型的質(zhì)粒的復(fù)制酶系不受染色體DNA復(fù)制酶系的影響，在整個細胞生長周期中隨時都可以復(fù)制，在染色體復(fù)制已經(jīng)停止時質(zhì)粒仍能繼續(xù)復(fù)制。
3.根據(jù)質(zhì)粒的不相容性，可分為不相容性和相容性。
不相容性指結(jié)構(gòu)相似、密切相關(guān)的質(zhì)粒不能穩(wěn)定地共存于同一宿主細菌內(nèi)的現(xiàn)象，反之為相容性。常用于流行病學(xué)的調(diào)查。
參考資料：百度百科-質(zhì)粒
質(zhì)粒圖譜怎么看 基本特征有哪些
個人認為，看手卜質(zhì)粒圖譜，
1，該質(zhì)粒的用途：篩選，擴增，表達，還是報告？用一種低拷貝數(shù)的質(zhì)粒來擴增目的片段顯然不如高拷貝的質(zhì)粒效率高；
2，質(zhì)粒的宿主：原核質(zhì)粒？酵母質(zhì)粒？真核細胞質(zhì)粒？
3，使用有無特殊要求：抗性，營養(yǎng)缺陷？
4，關(guān)鍵是研究：多克隆位點，上下游的限制酶位點是否合適，對于你要插入的目的片段，是否有高效、經(jīng)濟的酶切位點；啟動子是什么誘導(dǎo)機制？起始密碼子和終帶螞止子的位置畢行穗？如果插入你的目的片段，是否會移碼或提前終止？
5，如果你選用的是比較冷僻的限制酶，在多克隆位點外是否有該酶的酶切位點；
6.
標簽蛋白序列或報告基因序列在插入片段的上游還是下游？對后續(xù)實驗有無影響？
祝好！
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