1946年，國民政府重組中統(tǒng)特務(wù)組織，剩余的中國憲兵被任命為中統(tǒng)教官，有的甚至在渣滓洞集中營供職服役。(一所監(jiān)獄專門關(guān)押革命黨員）
1949年后大部分逃往臺灣，解放后少數(shù)被鎮(zhèn)壓槍殺。逃往臺灣的那部分迅速成為臺灣特務(wù)的中堅力量，在解放后50多年的兩岸特務(wù)戰(zhàn)爭中發(fā)揮了重要作用。
在抗戰(zhàn)中損失慘重的憲兵隊的最后一個任務(wù)非常臭名昭著，那就是準(zhǔn)備刺殺毛澤東。
毛澤東主席
但是，由于憲兵內(nèi)部的思想分裂，一些人不愿互相打架，反對暗殺；有些人堅決執(zhí)行命令，進(jìn)行暗殺。最終，實施暗殺行動的憲兵隊在暗殺行動中被中共中央近衛(wèi)軍徹底殲滅。
似乎只有少數(shù)人逃脫了。這些人后來繼續(xù)在國民黨一方從事間諜活動。那些因為反對暗殺而沒有參加行動的憲兵隊成員也被分成了兩派。一個是贊成共產(chǎn)黨，最后去了延安。
由于憲兵隊是蔣介石的衛(wèi)隊，所以選拔隊員非常嚴(yán)格，政治上完全是國民黨。但是，由于憲兵兵素質(zhì)高（都讀過書），結(jié)合當(dāng)時的實際社會情況，很容易在思想上偏向共產(chǎn)黨。最終，共產(chǎn)黨的地下組織得以發(fā)展并在憲兵隊開展活動。
但是，由于憲兵隊的特殊性，憲兵隊的中共地下組織很快就被曝光了。組織曝光后，這些憲兵隊的地下黨員在南京雨花臺基本被國民黨槍殺?，F(xiàn)在，雨花臺革命烈士紀(jì)念館一樓的最后一個部分是憲兵中共烈士展示區(qū)。
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